Shinkai Makoto tốt nghiệp đại học Chūō ngành văn học Nhật Bản. Tại đó, ông là thành viên câu lạc bộ văn học trẻ với nhiệm vụ chính là vẽ sách. Ông nói cảm hứng sáng tạo của mình bắt nguồn từ manga, anime và tiểu thuyết được đọc thời cấp 2. Anime yêu thích của ông là Laputa của đạo diễn Miyazaki Hayao. Sau khi tốt nghiệp Chūō năm 1994, Shinkai Makoto thiết kế đồ hoạ và làm phát triển video game tại công ty Falcom trong 5 năm. Thời gian này, ông đã gặp nhạc sĩ Tenmon và cộng tác với Tenmon trong tất cả các phim của mình.

Năm 1999, Shinkai Makoto phát hành một phim hoạt hình ngắn trắng đen dài khoảng 5 phút là Nàng và Con mèo của Nàng. Bộ phim dành nhiều giải thưởng, trong đó có giải thưởng lớn tại "CG Animation Contest" của PROJECT TEAM DOGA. Sau khi chiến thắng giải thưởng ấy, ông bắt đầu tìm ý tưởng cho dự án tiếp theo khi làm việc tại Falcom. Vào tháng 6 năm 2000, ông bắt đầu có ý tưởng về phim Tiếng gọi từ vì sao xa sau khi vẽ bức tranh một cô gái trong buồng lái đang cầm điện thoại di động. Mangazoo sau đó đã đến gặp và đề nghị làm việc với ông trên một dự án anime có thể thu lợi nhuận. Tháng 5 năm 2001, ông nghỉ việc tại Falcom và bắt đầu bắt tay làm Tiếng gọi từ vì sao xa.

Tiếng gọi từ vì sao xa mở đầu cho hàng loạt anime thành công tiếp theo của Shinkai Makoto bao gồm Bên kia đám mây, nơi ta hẹn ước (phát hành ngày 20 tháng 11 năm 2004), 5 Centimet trên giây (phát hành ngày 3 tháng 3 năm 2007) và Những đứa trẻ đuổi theo tinh tú (phát hành ngày 7 tháng 5 năm 2011). Ngoài ra, ông còn viết tiểu thuyết đầu tay là 5 centimet trên giây. Tác phẩm ăn khách nhất của ông chính là Your Name – Tên cậu là gì? đã gây nên cơn sốt tại các phòng vé của Nhật Bản nói riêng cũng như thế giới nói chung, và đã trở thành phim anime có doanh thu toàn cầu cao nhất trong lịch sử. Năm 2018, Makoto thông báo một dự án phim mới của ông, được biết là Đứa con của thời tiết ra mắt vào tháng 7 năm 2019.

Trưởng thành, ông kết hôn với một nữ diễn viên tên Misaka Chieko (sinh 7 tháng 8, 1977 (43 tuổi), người có vai nổi bật trong phim Versus của Kitamura Ryuhei; cùng nhau họ có một cô con gái tên Niitsu Chise (sinh 23 tháng 5, 2010 (10 tuổi).[3][4]